Adishatz !
Depuis hier soir, je penche pour que "chou" soit un hypocoristique ("nom de personne à valeur affective et diminutive, le plus souvent formé par abréviation, altération et / ou suffixation du nom originel").
http://www.wikimanche.fr/Hypocoristique
Certains avaient déjà pensé à ça, je crois. La lumière m'est venue à propos de noms de lieu de Baudignan (admirez-y au passage deux jolies maisons vasconnes ).
Trouvant un lieu "Nauchon", j'ai pensé à un hypocoristique de "Arnauchon". Et si "Arnauchon" fait "Nauchon", "Nauchon" peut faire "Chon" (prononcer "Tyoun" avec un "t" mouillé et un "n" qui n'est pas le "n" français - je ne maîtrise pas les termes lingüistiques pour le désigner).
Le gascon peut aller très loin dans les hypocoristiques, à force de suppression des syllabes du débuts et de rajouts de suffixes.
Mais "Chon" peut aussi venir de "Bernachon" venant lui même de "Bernat.
Je remets ici une liste de toponymes actualisée incluant des propositions de listaires :
LE CHOUN [MANT - 40]
LE CHOUN [CAME - 64]
Grand et Petit Chon,
CHOUNAR [LANNEPAX - 32]
CHOUNAT [RIMBEZ-ET-BAUDIETS - 40]
CHOUNAT [SAINTE-COLOMBE - 40]
CHOUNATOT [RIMBEZ-ET-BAUDIETS - 40]
TCHOUN [SOUPROSSE - 40]
LE TIOU [CASTETS - 40]
THION [AYGUEMORTE-LES-GRAVES - 33]
THIOU [CAST